地球では再び怪獣が復活、宇宙人襲来の時代を迎えようとしていた。突如現れた宇宙怪獣ディノゾールの前に大打撃を受ける特捜チーム「CREW GUYS」。このピンチに四半世紀ぶりのウルトラマンが現れた！宇宙警備隊のルーキー、その名もウルトラマンメビウス！

「CREW　GUYS」に入隊したメビウス＝ミライは、リュウ隊員と共に新しい隊員探しに奔走する。ミライは女性ライダーのマリナ、世界的サッカー選手であったジョージ、医大生のテッペイ、保育士を目指すコノミをスカウトするが・・・その時、地底から怪獣グドンが現れた！

かつてウルトラマンタロウ達を倒した火山怪鳥バードンが現れた！メビウスもまた、バードンの嘴の毒に倒れてしまう。毒に冒されてもなお、たった一つしかない3分間の命を削りながら戦うウルトラマンの姿に、リュウはある決意をして立ち上がる・・・。

マケット怪獣の使用が解禁された。マケット怪獣とは、過去に現れた怪獣のデータを元に再現された、味方となる怪獣だ。早速実用化に向け第1号「ミクラス」をテストするが、全く役に立たない。だが唯一コノミの言うことだけは聞くらしい。そんな時、宇宙怪獣ケルビムが現れた！

CREW GUYSの仲間と対立したジョージが、GUYSをやめたいと言い出した。ミライはそれを止めようと、サッカーで勝負を挑む。現れた怪獣サドラと、その姿を舌なめずりして見つめる不気味な女・・・。奮闘するメビウスとGUYSの前に、突如青い巨人が乱入した！

サドラは、さらに凶悪な生命体によって捕食されていた。この新たな生命体は何者なのか・・・。その時海底に異変が起きる。調査に向かったリュウとマリナは海底で信じられない声を聞いた。それは不気味な女の笑い声！女が光を放ったとき、岩壁から怪獣ツインテールが現れた！！

ファントン星人が地球に落とした非常用食料シーピン929が、高次元捕食体ボガールの手で大気に触れ、無限に肥大化を始めた！このままでは地球が飲みこまれてしまう！！しかし肝心のファントン星人は寝ぼけ眼。なすすべのない隊員たちに隊長は・・・。

怪獣を捕食する凶悪な生命体、ボガールが電流に弱いことが判明した。GUYSはミクラスをエレキミクラスへとパワーアップさせる。一方リュウは、死んだ筈のセリザワが青い巨人＝ハンターナイトツルギだと知り、困惑する。ツルギは、メビウスもろともボガールを倒そうと迫る！

メビウスがボガールを退け、ツルギが力尽きたように消えた。GUYSはボガールが体内にエネルギーをため込んだ、いわば「移動する火薬庫」だと突き止める。もし無闇にボガールを攻撃すれば都心は壊滅してしまう。しかし、ツルギにとってはボガールへの復讐が全てだった―。

立案されたボガールモンス殲滅作戦は、メビウスたちの命を危険にさらすものだった。GUYSクルーは、メビウスとツルギを救う独自のミッションを実行する。救出に許される時間はメテオール限界時間の１分間。GUYSはメビウスとツルギを救い出すことができるのか？！

命が尽きようとしているツルギの前に、ウルトラの母が現れた。一方、地球ではGUYSの倒したディノゾールが、2つ首のディノゾールリバースとして復活する！メビウスとリュウが危機に陥ったとき、母の奇跡で真の姿に戻ったツルギ＝ウルトラマンヒカリが駆け付ける！

トリヤマ補佐官は、廃棄が決まった危険な研究品を紛失してしまう。グロテスセルという名のこのメテオールは、中が空洞の物に入り込み生物のように動くという。補佐官の頼みで捜索に向かうミライたちだが、すでにグロテスセルは商売繁盛の神様、恵比寿像に入ってしまっていた！