意思を持った巨大な乗り物「炎神」によって、マシンワールドを追放された「変機族ガイアーク」は、ヒューマンワールド(地球)に標的をうつし、自分たちの住みやすい汚い環境に変えるべく攻撃を開始した。その時、正義の心を持った3人の若者、江角走輔、香坂連、楼山早輝がゴーオンジャーとして立ち上がる。

炎神達と力を合わせ、炎神合体巨人「エンジンオー」になってショウキャクバンキを倒したゴーオンジャー。彼らの前に新たな蛮機獣、パイプバンキが現れた。同じ頃、ギンジロー号ではゴーオンジャーのサポートロボット・ポンパーが、何者かにさらわれた。それを知った走輔、連、早輝の三人はボンバーの行方を追うのだが・・・

ついに5人になったゴーオンジャー。しかし、まだまだチームワークはバラバラ。姿を消した新たな蛮機獣、スコップバンキの捜査方法について5人は早速衝突してしまう。そん中、スコップバンキの魔の手は着実にある場所を追っていて・・・

ヒューマンワールドに新たな炎神、バルカとガンバードがやってきた。ゴーオンジャーの5人はバラバラになった2体の炎神キャストを回収すべく、二手に分かれて捜査を開始する。一方、それを阻止したい害水大臣ケガレシアは、スプレーバンキを引き連れて、ゴーオンジャーの前に立ちふさがる。

ヒーローをさぼってアルバイトに明け暮れる範人に、ついに走輔が大激怒!連は二人を仲直りさせようと、範人のアルバイト先のクレープ屋を訪れる。一方、一度はゴーオンジャーに敗れたジシャクバンキは、ヨゴシュタインの手でさらに強化され・・・

美しいフルートの音色に誘われて、早輝は世界的に有名なフルート奏者・小川征爾と出会う。ついに早輝にも恋の予感?ひとり焦る走輔は早輝のデートの尾行を開始する。一方、美しい音楽を破壊音楽に変える蛮機獣スピーカーバンキは、街中の音をどんどん吸収して・・・

地面の下から猛スピードで移動しながら次々と地上の街を錆びさせていく、二つのガイアークらしき反応があった。二手に分かれて蛮機獣のあとを追う走輔たち。一方、その犯人ボンベバンキだったが、軍平と範人の目の前に現れたのは、なんと伝説の炎神キャリゲーターだった・・・

前回のボンベバンキの攻撃でスピードル、バスオン、ベアールVの3体の炎神キャストが完全に錆びてしまった。炎神ソウルをセットしても、本来の巨大な姿に戻ることができない。突如現れた巨大蛮機獣ボーリングバンキを前に、なす術がないゴーオンジャー。そんな中、ガイアーク三大臣がついに彼らの前に現れた・・・

楽しくショッピングしていた早輝と範人は、レンズバンキの攻撃で「ジャンクワールド」と呼ばれる謎の異次元に飛ばされてしまう。そこには朽ち果てたスクラップが山と積まれた荒涼の大地。次元の作用でゴーフォンもシフトチェンジャーも使うことができない。そんな中、ガイアークの新たな作戦が決行されようとしていた。

エンジンオーとガンバルオーの必殺技がコピーされた。自らの必殺技でボロボロにやられてしまうエンジンオーとガンバルオー。一方、連はギンジロー号にこもって炎神達の改造に取り組んでいた。連の考える新しいフォーメーションが完成すれば、どんな蛮機獣にも負けないというのだが・・・

走輔がF1ドライバーで、連がクイズ王、早輝がアイドル、範人が大富豪?突然のテレビのニュースに驚く軍平だが、自分も銀行強盗犯として指名手配されてしまう。軍平は、真相を探るために、追ってきた警官を振り切って逃げだす。逃亡者となってしまった軍平は、まずはゴーオンジャーの一人一人を説得して回るのだが・・・

走輔は風邪で寝込んでいたが、そのとき新たは蛮機獣・ハツデンバンキが現れた。誰よりも早く現場に駆け付ける走輔。しかし、ハツデンバンキの落雷ショックで、走輔とハツデンバンキが入れ替わってしまう!のんきなゴーオンジャーたちはそんなことに気づくはずもなく、走輔(=ハツデンバンキ)の看病を始めるが・・・