デッドムーンを倒したうさぎたちセーラー戦士は、さらに受験も終えて、晴れて高校一年生になった。そして、ちびうさも未来へ帰ろうとしていた。しかし、その時、封印されていたネヘレニアに、セーラームーンへの復讐をささやきかける謎の声があった。新たなパワーを得たネヘレニアは、心の鏡を割ってしまう。地上に降り注ぐ鏡のカケラからはネヘレニアの分身ミラーパレドリィが出現し、はるかとみちるに襲いかかってきた。

赤ん坊だったはずのほたるは、ミラーパレドリィの出現によって急成長していた。そして、ほたるはセーラームーンの未来を覆う暗い影を予言する。一方、流星群が東京に降り注いだ日から様子が変わってしまった衛に、うさぎはいい知れない不安を抱いていた。レイたちはそんなうさぎを心配して、元気づけようとしてくれる。しかし、ネヘレニアの影は着実に迫っていた。氷川神社に集まったうさぎたちをミラーパレドリィが襲撃したのだ。

無気力に鏡を見続けるという奇病にかかった人々が続出。はるかたちは、新たな敵の出現との関連を疑っていた。学校で、奇病にかかった少女を目撃したうさぎは、衛のことが心配になり、衛のマンションを訪れる。そして、うさぎがそこで見たのは、暗い鏡だらけの部屋で姿見に心を奪われている衛の姿だった。セーラームーンたちは、ほたるから衛に危機が迫っていると聞かされ、衛のマンションへと向かった。

ネヘレニアに衛を奪われてしまった。その時、ちびうさの身体にも異変が訪れていた。未来が変わろうとしている。うさぎと衛が結ばれなければ、ちびうさは誕生しない。このまま衛を取り返すことができなければ、ちびうさは消滅してしまうというのだ。みんなの引き留める声を振り切って、自らネヘレニアの元に向かおうとするうさぎのパワーが暴走。エターナルセーラームーンに変身したうさぎは、ひとり飛び去ってしまった。

ネヘレニアのワナにかかって分断されてしまったセーラー戦士たちは、それぞれ苦戦しながらも、ひとり衛のもとへ向かううさぎを想いネヘレニアの攻撃に立ち向かっていた。しかし、攻撃をかわしたと思った次の瞬間、次々に鏡に囚われるセーラー戦士たち。一方、うさぎはネヘレニアの作り出した幻影の中に迷い込んでいた。幻影の中で次第に記憶を失っていくうさぎ。そしてついに、うさぎの前に復讐に燃えるネヘレニアが現われた。

ちびムーンとサターンは、ネヘレニアの宮殿にたどりついた。しかし、必死のちびうさの願いも虚しく、衛の目は覚めようとしなかった。次第に消えゆくちびムーン。そして東京でも人々が、鏡の中に取り込まれていく。サターンは、破滅の力を解放するサイレンスグレイブを振り下ろす。その頃、うさぎは血だらけになりながら茨の道を進み、ようやく宮殿にたどりついた。しかし、そこでうさぎが見たものは、消えゆくちびムーンの姿だった。

アイドルグループのスリーライツが大人気。レイや美奈子、亜美でさえスリーライツの大ファン。しかし、うさぎはアメリカ留学が決まった衛との別れで思い悩んでいた。衛とは離ればなれになりたくない、しかし、衛の夢が叶うことを喜ばなくてはならない。うさぎは複雑な気持ちに揺れ動いていた。そして、衛がアメリカへ旅立つ日、うさぎは、飛行場で熱狂的なファンに囲まれるスリーライツのセイヤとすれ違った。

うさぎたちには高校での新たな生活も始まっていた。まことや亜美、美奈子もそれぞれ得意な部活に入ったり、勧誘されたりで大忙し。うさぎは、新たに出現した敵と新たなセーラー戦士が気になっていた。そんな時、うさぎは街中でまたまたセイヤと鉢合わせ。しかも、「おだんご頭」と呼ばれて気分はサイアク。翌日、スリーライツが転校してきて、十番高校は大騒ぎ。セイヤたちは、うさぎたちのクラスにやってきた。

アイドルを目指す美奈子は、芸能界への近道にスリーライツを利用することを決意。ついにスリーライツの付き人になってしまった。ところが、スリーライツの行く先々でカメラを構えるカメラマンの板橋サキに、本当のプロの厳しさがわかっていないと指摘されてしまう。そして、スタジオ撮影の時に美奈子は、プロの世界の厳しさに気づかされることになる。しかし、そんなサキをセーラーアイアンマウスが狙ってきた。

スリーライツはミュージカルの主役に抜擢されて、猛稽古に汗を流していた。しかし、演出家の具志堅あかねは、セイヤばかりにダメ出しをする。うさぎたちはミュージカルの練習を見学しにいった。そして、そこでレイはあかねの正体が教会のシスターだと気づいてしまった。教会にあかねを訪ねたセイヤは、ミュージカルにスリーライツを抜擢した理由を聞かされる。

校内の学力テストで大気と亜美が1位を取った。亜美は、科学の先生でワタル彗星の発見者天野川から、百数十年ぶりに接近する彗星観測に誘われた。そして、テレビで天野川と対談した大気は、あくまでも夢を語ろうとする天野川に反論してしまう。そんな大気の様子を心配した亜美は、大気を彗星観測に誘うが拒絶されてしまう。そして、翌日、雨が降り続く中、亜美は夢とロマンを信じて天野川の家に彗星観測に出かけていった。

ルナが行方不明になって一週間。うさぎたちは、必死になってルナの捜索をしていた。しかし、そんなうさぎやアルテミスの心配をよそに、夜天とテレビに出演していた。じつはテレビの番組の都合でペットを飼わなければならなくなった夜天が、ルナに目を付けたのだ。夜天は他人には冷たい態度を取るが、ルナには優しく接してくれる。そして、ルナは夜天とスリーライツが、何か大きな悩みを持っていることを感じる。