ダークキングダムとの壮絶な死闘の後、セーラー戦士としての記憶を失ったうさぎたちセーラー戦士は、それぞれ普通の女の子としての生活を送っていた。ある夜、巨大な隕石が落下。落下現場へ行ったうさぎは、そこで亜美やまことと出会い、なぜか懐かしい気持ちになるのを不思議に思う。しかし、ルナとアルテミスは、いいようのない胸騒ぎに襲われる。その翌日、十番中学には不思議な雰囲気の漂う銀河兄妹が転校してきた…。

なるが、人気アイドル白鳥みかん主演ドラマのオーディションを受けることになった。なるに誘われてテレビ局へ行ったうさぎは、そこで亜美やレイたち、いまだに記憶を失ったままのセーラー戦士と再会する。しかし、オーディション資格のないうさぎだけは会場へ入れない。しかし、そのオーディションは、すでにエイルとアンが乗っ取っていた。亜美たちからエナジーを吸い取るカーディアン。その時、意を決したルナがみんなに語りかける!

まことの幼なじみ篠崎が、カーディアンに襲われて重傷を負ってしまった。自分のために犠牲になった篠崎のために輸血をするまこと。一方ルナは、最近出没する謎の敵について話し合うために、火川神社にセーラー戦士を集めていた。その頃、夏美は衛に一目惚れしてしまい、うさぎは銀河星十郎から告白されてしまう。突然の告白にドギマギするうさぎ。しかし、そのときカーディアンの出現場所を、レイの祈祷がつきとめた!

うさぎは十番町にオープンしたバーチャルリアリティ・シアターで衛、銀河兄妹とダブルデートをすることになった。しかし、そこにカーディアンが現われ、人々からエナジーを吸い取り始めてしまう。うさぎは変身して戦うが、ムーン・ティアラ・アクションが作動しない! カーディアンに追い詰められるセーラームーン。そのとき"月影の騎士"が現われた!セーラームーンは、衛と月影の騎士が同時に存在することに混乱する。

うさぎたちは、桜田先生やなる、夏美と花見にでかけた。美味しいお弁当を食べて楽しいひとときを過ごすうさぎたち。しかし、そこへカーディアンが出現し、なるや桜田先生からエナジーを奪っていく。さらにレイや亜美たちもとらわれてしまった。セーラームーンはひとりで戦うが、やはりティアラは飛ばない。戦う武器のないセーラームーンは追い詰められカーディアンにつかまってしまう。すると、セーラームーンの変身までもが解けてしまった!

美奈子は、いじめられていた幼稚園児のミエを助けたことから友達になった。そしてセーラームーンが本当にいるということをを信じているミエのために、美奈子は幼稚園へ行き、ほかの園児たちにセーラームーンはいると力説する。そのころ、幼稚園バスを襲うカーディアンの出現が頻発していた。うさぎは幼稚園バスに乗り込むために、幼稚園の先生に変身。そして、うさぎが乗ったバスには、美奈子とミエも乗っていた。

エイルとアンが狙う次の標的は、新鮮な生命エネルギーに満ちた幼児だった。そして保育園がカーディアンに襲われ、たまたま事件現場にいあわせたうさぎと衛は、エナジーを奪われて入院中の母親に代わって赤ちゃんの面倒をみることになってしまう。はじめての子守りでやることなすこと失敗ばかりのうさぎだが、衛の部屋で、赤ちゃんの世話を楽しんでいた。しかしそのとき、別の保育園にもカーディアンが現われたと連絡が入った!

レイの通うT.A女学院の文化祭がはじまった。実行委員長でステージにも出演するレイは大忙し。そして文化祭の当日、うさぎたちも学園にやってきて、いろいろな出店を楽しんでいた。そして、いよいよ体育館でレイのステージがはじまった。自作の歌を歌い始めるレイ。しかし、そこへエイルとアンが送り出したカーディアンが出現。会場にいた人々からエナジーを奪い始め、レイもカーディアンにつかまってしまった!

セーラー戦士がピンチになると、どこからともなく現われる月影の騎士。亜美とまことは、その正体について考えを巡らせていた。まことは、その人間離れした身のこなしを目撃し、星十郞こそが月影の騎士だと思い接近する。だが、まことは星十郞に一目惚れして、猛烈アタックを開始してしまう。まことは手作りのお弁当を星十郞に渡し、自分の想いをぶつける。しかし、まこととデートをする星十郞のところにアンが現われた!

衛が十番ホールで演劇をすることになって、うさぎたちも手伝うことになった。うさぎの提案で演目は白雪姫に決定。しかし、衛の相手役になる白雪姫役を誰が演じるかで大騒ぎ。そんなとき、ひそかに白雪姫役を狙う夏美が、あみだくじで決めるべきだと提案。くじの結果で夏美が白雪姫に決まった。じつは夏美がくじに細工していたのだ、しかし、そのことを聞きつけたエイルはエナジーを集めるため、カーディアンを十番ホールに送り出してしまい…。

うさぎと夏美は、ただでさえ不機嫌な桜田先生の機嫌をそこねて、放課後居残り授業を受けるはめになった。しかし、そのころ桜田先生は恋人からのデートの誘いを受けてふたりのことを忘れて帰ってしまう。そうとは知らないうさぎと夏美は、衛をかけて問題の早解き勝負をすることに。そのころ、エイルが衛を襲うためにカーディアンを呼び出した。しかし、カーディアンはエイルの言うことを聞かずに勝手な行動を始めてしまうが…。

エイルとアンの魔界樹が枯れはじめてしまった。魔界樹が枯れれば、自分たちも死んでしまう。エイルとアンは、魔界樹の復活を試みるため、いちどにたくさんのエナジーを奪うためにカーディアンを呼び出した。そのころ、何日も学校を休んでいる銀河兄妹を心配して、うさぎと亜美、まことは兄妹の部屋へお見舞いに行った。本心から自分たちのことを心配してくれる、うさぎの優しさに触れて、エイルは心の中に流れる温かなものに戸惑う。