天才的な頭脳と洗練された魅力を持つ元犯罪者のニール・キャフリーは、収監されていた刑務所を脱獄する。宿敵のFBI捜査官ピーター・バークに追い詰められるが、ある提案をし条件付きで自由を手に入れる。その提案とは、彼の優れた頭脳をNYに蔓延する知的犯罪の解決に役立てるというものだった?

ピーターの計らいでFBIコンサルタントになったニール。華やかなモデルたちで賑わうファッションウィークのNYで殺人事件が発生。現場に居合わせたモデルのタラの証言から、イスラエル人の偽造犯ゴヴァートが関わっていることがわかる。

FBIの監視下にあるマフィアの大物バレリが、教会から盗まれた聖書を探して欲しいとFBIに依頼。バレリに反感を抱くピーターは手を貸す事を渋るがニールと共に捜査を開始する。その聖書は中世のもので、癒しの力があるという言い伝えがあった。

FBIのオフィスにピーターの妻エリザベスが友人のディナと現れる。ディナの夫で軍人のジョンに、イラクで盗まれた金製品に関わっている容疑がかけられたのだ。エリザベスもディナも無実を信じ、ジョン本人も潔白を主張しているが、発見された金製品には彼の指紋と髪の毛が付着していた。FBIに出頭したジョンはイラクからの帰国前に国務省のエイムズから密輸を持ちかけられたことを明かす。一方、ニールは証拠の指紋は偽装と見抜く。

ケイトを忘れられないニールは、彼女が残したワインボトルの暗号を読み解き、モジーとグランドセントラル・ステーションでケイトからの手紙を発見する。その頃ハンガリーの高名な画家の絵が個人宅から盗まれる。持ち主は女子大生ジュリアナ。両親の死後、家と絵を祖母から受け継いでいたのだった。内部の犯行と睨んだピーターたちは一緒に暮らす叔父ゲイリーを疑う。やがて犯行はフランス人高利貸しドーセットの仕業と判明するが…。

覆面捜査中のFBIのコスタ捜査官が行方不明に。ドラッグ売人に扮した彼は、マネー・ロンダリングを行う中国人のラオ・シェンを捜査していた。ギャンブル好きなラオに近づくため、ピーターはニールをカジノに潜り込ませる。だが、そこにNY市警が踏み込み、ニールも逃げるハメに。危ういところをラオの女であるメイリンに救われるが、実は彼女は国際警察で、ラオを見逃せば、ケイトの情報を教えると持ちかけられる。

巨大なピンクダイヤモンドを展示中のマンハッタンの有名ブティックで、盗難騒ぎが発生。通報を受けたニールとピーターが向かうと、ダイヤモンドは模造品とすり替えられていた。オフィスに戻ると、OPR(職務責任局)のファウラーが現れ、盗難をニールの仕業だと疑いをかける。一方、ケイトを脅迫している男がFBIと知ったニールはモジーの調査からファウラーが怪しいと睨む。そんな最中、ニールはダイヤの窃盗犯として逮捕されてしまう。

ファウラーからケイトを操っているのはピーターだと聞かされたが、信じられないニール。いつものようにFBIのオフィスに向か株価操作詐欺の捜査で詐欺集団に潜入することに。だが、ピーターに対して疑心暗鬼になったニールは態度がよそよそしく、含みのある言葉をぶつける。ニールの様子に違和感を持ちつつも、詐欺集団の黒幕エイブリーの信頼をつかんだ彼の案で、ピーターも潜入捜査に参加。二人でエイブリーを罠にかけようとする。

ピーターの元に、サリバンという男が相談にくる。最近亡くなった父親が抵当詐欺に遭い、1週間後に自宅が銀行に差し押さえられるという。ピーターとニールは事件を担当した警官ヘレラから事件に連邦地方判事ミシェル・クラークの関与を示唆される。一方モジーの情報から、クラーク判事がOPRのファウラーと関係があることを知ったニールはピーターと判事の犯行を立件しようと捜査に乗り出す。そんな彼らの前に、再びファウラーが現れる。

ニールは、間借りしている豪邸の女主人ジューンから「腎臓が悪い孫娘のサマンサが移植リストから外され、その直後に慈善団体が腎臓の提供と引き換えに、10万ドルの寄付を求めてきた」と聞かされる。違法臓器売買の疑いを持ったニールはピーターと捜査のために、慈善団体が主催するテニス大会に潜入。団体の女性メリッサに気に入られたピーターが彼女を引き留めている隙に、ニールは設立者である医師のパウエルに近づく。

ニールは昔なじみの女泥棒アレックス・ハンターと再会。東欧の骨董専門の彼女に、探しているオルゴールについて尋ねるが、協力できないと断られる。その頃、ピーターはインサイダー取引の疑いで株トレーダーのグレイを張り込んでいたが、殺害され、現場からピアースという女性が逃亡。ニールは彼女が現場に残した暗号の解読を始めるが、そんな彼の元に自宅を改装中のピーターが転がり込む。

ニールにまた謎の人物からチェスの動きだけを書いたポストカードが届く。今回は消印がなく、使われていたのは自然史博物館のカード。差出人が長年のライバル、マシュー・ケラーと察したニールは自然史博物館を調べると、窃盗事件が発生していた。かつてニールはケラーと偽造不可能と言われたアンティークのワインボトルをめぐって賭けをしたことがあった。ケラーに呼び出されたニールはそのゲームに決着をつけようと挑発される。