魔王を倒し王都へ凱旋した勇者ヒンメル一行。各々が冒険した10年を振り返りながらこれからの人生に想いを馳せる中、エルフのフリーレンは感慨にふけることもなく、また魔法探求へと旅立っていく。50年後、皆との約束のためフリーレンは再び王都へ。その再会をきっかけに、彼女は新たな旅へと向かうことに―。

森深くに暮らすハイターを訪ねたフリーレンは、彼と共に暮らす孤児フェルンと出会う。ハイターから頼まれ彼女に魔法を教えるフリーレン。そしてある出来事を機に、共に旅立っていく。/旅先でヒンメルの銅像がある村を訪れたフリーレンは、生前彼が好きだと言っていた花のことを思い出し…。

交易都市ヴァルムへとやって来たフリーレンとフェルン。買い出しを手分けしようと言うフリーレンの様子を怪しむフェルンは彼女の後をつけることに。果たしてフリーレンの目的は…。その後、2人はとある村にやってくる。そこにはかつてフリーレンとヒンメルが戦った魔族・クヴァールが封印されていた。

フリーレンとフェルンはアイゼンを訪ねる。旧交を温める中、「大魔法使いフランメの手記」を探すことを手伝ってほしいと頼むアイゼン。3人は、ハイターが生前に割り出した手記が眠る場所がある森奥深くへ。フランメの手記と呼ばれるものはほとんどが偽物だというが、その場所にあるのは偽物か、それとも…?

フランメが残した手記に記されていた“魂の眠る地＜オレオール＞”を目指すことに決めたフリーレンとフェルンは、アイゼンと別れ旅路を歩んでいく。今は魔王城があるその場所で、ヒンメルと話すことができるのか…。ある村を訪れると、村人が何人も幽霊に連れ去られ行方不明になっているという。

リーゲル峡谷沿いの村で暮らすシュタルクは、紅鏡竜から村を守ったことで村の英雄として讃えられているが、実はとにかく臆病だった。それでも彼の実力を見込むフリーレンは、共に紅鏡竜を倒そうと声をかける。大岩を切り裂くほどの力を持つシュタルクだが、手の震えは止まらない。果たして戦いの場に現れるのか―。

フリーレンたちは解放祭と呼ばれるお祭り前日の街にやってくる。そこはかつてフリーレンやヒンメルたちが魔族から守った町だった。町に建てられた自分たちの銅像を見るフリーレンはあることを思い出す―。/その後に訪れたグラナト伯爵が治める街で、フリーレンは突然ある人物に杖を構える―！

グラナト伯爵に和睦を申し入れてきた魔族アウラに仕えるリュグナーたちに魔法を放とうとしたことで、フリーレンは捕らえられ牢に入れられる。そんなフリーレンをリュグナーは危険視し、同じくアウラ配下のドラートがフリーレンの命を狙う。そしてフェルンとシュタルクもフリーレンを救うため行動を起こす。

ひとり街を出たフリーレンは、七崩賢“断頭台のアウラ”と対峙していた。膨大な魔力を持つアウラは、死者の軍勢を次々とフリーレンにぶつけていく。一方、グラナト伯爵を救出したフェルンとシュタルクだったが、ふたりにもリュグナー、リーニエの魔の手が迫り…。フリーレン一行とアウラ軍の戦いが加速する。

大魔法使いフランメ。千年以上前に生き、人間でありながら歴史上でも“英雄”と称される魔法使いだった彼女は、ある日魔王軍に襲われ全滅したエルフの集落で、ひとり生き残ったフリーレンと出会う。フランメがフリーレンに教えたものとは…。そして、フリーレンとアウラの戦いに決着がつく。/

アウラたちを倒したフリーレン、フェルン、シュタルク。平穏が訪れ、死後もアウラに操られていた自身の配下を弔い、グラナト伯爵は最大限の感謝をフリーレンに伝える。フリーレンたちは旅立つが、北側諸国の冬の道は想像以上に厳しく…。そこで彼らはひとりの武道僧(モンク)に出会う。

剣の里にやって来たフリーレンたち。そこは80年前に、世界を滅ぼす災いを撃ち払う者しか抜けない“勇者の剣”をヒンメルが抜いた場所。この里の周辺に湧いてくる魔物を対峙するという役目を務めるために訪れたのだった。そしてフリーレンの脳裏には、80年前当時のことが蘇ってきて…。