郊外にある児童精神科、さやま・こどもクリニックの院長・佐山卓（山崎育三郎）は、臨床心理士の向山和樹（栗山千明）とともに、発達障害など心に生きづらさを抱える子どもとその家族たちの診察を行い、向き合う日々。同じころ、大学病院の小児科で研修を受けていたドジな研修医・遠野志保（松本穂香）は、またしても遅刻をしてしまい、教授に呼び出される。そこで遅刻したことを怒られるかと思いきや、実は志保が重大な医療ミスにつながり兼ねないミスを犯していたことが判明。教授から医者になることを諦めろと告げられてしまう。ショックでがく然とする志保は、気づけばある場所へ向かっていた…。

院長・佐山卓（山崎育三郎）のもと、遠野志保（松本穂香）は「さやま・こどもクリニック」で研修することになり、向山和樹（栗山千明）や産休明けで戻ってきた受付担当の市川渚（是永瞳）も揃ってクリニックは賑やかに。そんなある日、川島雅紀（戸塚純貴）が佐山のもとに相談にやってくる。川島が訪問介護を行っているうつ病患者の滝川治（岡田義徳）は小学4年生の娘・悠里（浅田芭路）と2人で暮らしているのだが、どうやら悠里は学校に行っていないようで、また発達障害の疑いもあるという。佐山の指示で、川島とともに滝川の家を訪ねることになった志保は、そこで衝撃の光景を目にする。家の中はゴミで溢れかえっており、その中で悠里がひとりご飯を作っていたのだ。さらに、万年床から出てきた様子の治はボサボサの髪に無精ひげを生やして、お世辞にも清潔とは言い難い。悠里は人懐っこく明るい印象ながらも、多動傾向が見受けられたこともあり、志保はなんとか治を説得してクリニックの予約を取り付ける。

遠野志保（松本穂香）は佐山卓（山崎育三郎）から、診察する前に患者が来院した経緯などを聞き取る予診を任される。やってきたのは6歳の女の子・柿崎希（沢田優乃）。希は誰彼構わず話しかけては、一方的に話し続けてしまう傾向があり、後日、志保は診断の結果、ASD・自閉スペクトラム症であることを伝え、さらに支援学級の話にも触れると、母の柿崎貴子（黒川智花）は激しく動揺して、通常学級に入れるつもりだと言い切って診断書を断る。そんな貴子の様子を見ていた佐山は、まずは療育を受けることを提案する。

過度なダイエットをしていた女子高生・古川朱里（片岡凜）が、自宅で倒れてしまう。内科からの紹介でさやま・こどもクリニックにやってきた朱里に、佐山卓（山崎育三郎）は摂食障害の疑いがあることを伝えるが、朱里は、自分はむしろ太っていると言い張り、ダイエットをやめることも治療を受けることも拒否する。実は朱里は高校受験に失敗しており、そのことをきっかけにダイエットを開始。ダイエットをすることで数字にハッキリと成果が現れるため、一度は失った自信を取り戻していた。さらに、痩せたことで同級生のしずく（鈴木梨央）たちに声を掛けられ、友達が増えたことにも喜びを感じていたのだ。そのため、頑なに治療を拒む朱里に、佐山は食べたものの記録だけでもしてほしいと約束する。

向山和樹（栗山千明）は、佐山卓（山崎育三郎）のもと「さやま・こどもクリニック」で働くかたわら、小学校でスクールカウンセラーを務めている。向山は、ある日の教師たちとの会議の席で、6年生の足立茜（古川凛）の話を聞く。担任によると、茜は脳梗塞で右半身に麻痺が残ってしまった母・足立由香（奥菜恵）をひとりで面倒を見ており、もともと成績は良かったのだが、塾にも通えなくなり受験に失敗してしまったという。ヘルパーさんには毎日来てもらっていることや、茜がしっかりした子だということで、教師たちはあまり気に留めないが、向山は茜との面談を申し出る。しかし、いざ面談をしても、茜は自分がヤングケアラーだという認識はなく、特に困っていることはないと言って、そそくさと切り上げてしまう。学校側は家庭にあまり立ち入ることができないという理由で放置のスタンスだが、向山は気がかりだということを遠野志保（松本穂香）に話していたところ、それを聞いていた佐山から後押しされ、茜との面談を継続することを決意。向山がこれだけ茜のことを気にかけるのには、スクールカウンセラーとしてだけではなく、向山のある過去にも関係していた――。

「さやま・こどもクリニック」で佐山卓（山崎育三郎）が遠野志保（松本穂香）たちと昼食を取っている時に、佐山は堀凛（志田未来）から従姉の宮内春香（山田真歩）のことで相談を受ける。子連れ同士で再婚した春香は、新たに息子となった優太（石塚陸翔）との接し方に悩んでいた。/さらに佐山が診察や検査を行った結果から、優太は読み書きが苦手なSLD・限局性学習症であることが分かる。凛から教わった方法で優太はトレーニングを始め、少しずつ効果が出てきたものの、それでも学校の授業にはついていけず…。そこで、佐山からタブレットを活用する方法を提案された春香は、早速学校にタブレット使用を相談するが、許可は下りなかった。そんな中、優太は、散々なテスト結果を同級生にからかわれたことで、喧嘩に発展してしまう…。

「佐山記念総合病院」で行われた症例検討会に、佐山卓（山崎育三郎）とともに参加した遠野志保（松本穂香）は、そこで佐山から同病院での後期研修を勧められ、突然のことに戸惑う。そこは、佐山の父が経営する総合病院だった。佐山は弟の佐山秀（塩野瑛久）に呼び止められ、院長の父が院長室で待っていると言って連れて行かれてしまう。/クリニックに戻った志保は、向山和樹（栗山千明）の話から、佐山の父が佐山を「佐山記念総合病院」に新設する児童精神科の医長として迎えようと計画をしていることを知る。志保は、クリニックがなくなってしまうのではないかと心配になり…。

ASD（自閉スペクトラム症）の少女・丸山優実（加藤柚凪）が家からいなくなってしまったと、父・浩之（三浦貴大）から連絡を受けた佐山卓（山崎育三郎）や遠野志保（松本穂香）は、後日、優実が亡き母に会えると思い込んで遊園地に向かっていたところ保護されたと知る。/浩之は、なぜ優実が遊園地で母に会えると思ったのか心当たりはないというが、同じころ、別室で優実と一緒に過ごしていた向山和樹（栗山千明）は、優実の話から遊園地へ向かった理由を知る。そのとある理由を聞いた佐山は、かつて自分が母を亡くした頃に叔母・佐山りえ（風吹ジュン）と交わした会話の記憶がよみがえり、その経験から、優実に母の死をきちんと伝えるべきではと浩之を諭す。