リード・ストラッカーはミュータント事件を担当する検察官。妻と2人の子供たちとの平穏な日々を送っていたが、ある日、子供たちがミュータントだと判明する。2人を守るためミュータントの地下組織と連絡を取り、家族を国外へ逃がそうとするリードだが、待ち合わせ場所にセンチネルを携えた追っ手が現れ絶体絶命となる。

辛くも追っ手から逃れたケイトリンたちだが、撃たれたリードはセンチネル課に拘束され、妻子を守るために地下組織の摘発に協力することに同意する。一方、本部では力尽きたブリンクに異変が生じ、意識不明のまま同じ場所へポータルを開き続ける。これにより本部崩壊の危機となるが、ケイトリンの活躍により窮地を脱する。

リードを助けようと子供を連れ兄弟に会いに行くケイトリン。だが住民に訪問を知られ追われてしまう。間一髪で救われたケイトリンは自分が甘かったことを知る。一方、センチネル課に捕まったリードは家族を救うためミュータントの本部発見に一度は協力するが、途中で間違いだと悟り、車を降りてそれ以上の協力を拒否する。

ミュータントの極秘施設へ送られることになったポラリスとリード。しかしエクリプスが昔深く関わった麻薬組織から移送の日時とルートを探り出し、無事2人を救出する。だが一方で2人の救出中に皆の力が一時期使えなくなるという現象が起きる。そしてそれは死んだと思っていたサンダーバードの親友、パルスの仕業だった。

ポラリスたちを逮捕しようと躍起になるターナーだが逆に人質に取られてしまう。しかもドリーマーに記憶を探られ、中途半端に放置されたため娘が死んだ記憶を失ってしまう。一方、本部へ着いたリードはバーテンダーにセンチネル課に協力しかけたことを暴露される。皆の疑いを払拭するためリードは捜査撹乱の協力を申し出る。

ターナーの記憶から、バトンルージュにある連邦ビルにパルス洗脳の秘密が隠されていると踏んだサンダーバードたちは、エクリプスとリードを送り込み情報を盗み出す。一方、記憶を奪われ、怒りを募らせたターナーはキャンベルと手を組むことを決意。また、ブリンクはサンダーバードのあいまいな態度に失望し基地を出ていく。

通話の監視だけではらちがあかないとして、キャンベルは洗脳したミュータントを送り込む計画を進めようと進言。阻止しようとする司法省の役人さえも力で封じ込めるのだった。基地ではウェスとローレンが距離を縮めるが、前科者と判明したことからウェスは基地を去ってしまう。一方、ブリンクは戦う決意を固めて戻ってくる。

ミュータントの洗脳法を探る中で浮かび上がったトラスク・インダストリー。情報を得ようとリードは昔トラスクにいた父親に会いに行く。しかし知ったのは驚愕の事実だった。一方トラスクからスパイとして送り込まれたミュータント、クロエを捕まえたことで、エクリプスたちもトラスク・インダストリーの存在を知るのだった。

父親から子供たちが秘める力を聞かされたリードは家族にすべてを話し真実を確かめることにする。手をつないだアンディとローレンが感じたのは経験のない強大な力だった。一方、エスメはトラスクに捕らわれているミュータントを救おうと皆をけしかける。彼女の策略でアンディとローレンが変電所攻撃の役目を担うが、計画がばれて捕まってしまう。

捕まったローレンたちはトラスクの研究所へ送られる。キャンベルから力を見せるように言われた2人は拒否するが、ソニアが撃ち殺されるのを見て言うことをきいてしまう。一方、リードとケイトリンの訪問を受けターナーは研究所からミュータントたちを連れ出そうとするが、救出に来たエスメによって惨劇が引き起こされる。

エスメら3姉妹の働きで研究所から解放されたローレンたち。しかしもはや基地も安全とは言えなくなったことから、リードは今度こそ家族4人でメキシコへ移る決心をする。だがそれを察知したエスメらがセンチネル課に中継地点を襲わせ、ー家をアトランタへ戻るよう仕向けると同時にミュータント地下組織に協力を承諾させる。

ハウンド計画阻止のためエスメら3姉妹と手を組むことにしたエクリプスたち。彼らは姉妹の計画に従いキャンベルを拉致しようと試みるがあと一歩のところで逃げられてしまう。一方、リードは母エレンが狙われていると知り家族4人で救出に行く。だが自分たちが持つ力の使い方を巡り、ローレンとアンディの間で溝が深まる。