7年前、渋谷に隕石が落下。その災害から立ち直ろうとしいる人類に、さらなる脅威が。地球外生命体ワーム。ワームに対抗する秘密組織 ZECTは、マスクドライダーシステムを完成させつつあった。だが、その思惑とは無関係に、選ばれた運命の男。天道総司!

「ZECTに属さない者にライダーになる資格はない!」と言い放つ田所たち。不安を覚えた加賀美は、「仲間になってくれ!」と天道に懇願。一方、ZECT本部から正式なカブトの資格者が派遣された。ベルトとバイクを引き渡すべく、岬が接触ポイントに…。

人間に擬態し、殺害して相手になりすますワームの習性。だが、ふとしたことから殺害が未遂に終わり、同じ人物が2人存在することに・・。どちらが人間でどちらがワームか見きわめること。それが加賀美たちのミッション。そうと聞いた天道が繰り出す秘策とは!

加賀美の前に現れる少年・亮。最愛の弟との再会に、加賀美は心を踊らせる。だが天道は疑念を抱いた。ZECT のメンバーの前に、2年前に失踪した弟がとつぜん現れる。そんな都合のいいことがあるはずがない、と…。

ZECT本部の特別チーム。そのミッションは、ZECTの指令に従わないカブトを捕獲すること・・・。カブトをおびき寄せるべく、ワームをあえて野放しに。そんな非情にして苛烈な作戦に参加する岬。だが、当の天道はのんきに、ひよりとデートの約束を?!

ZECT の虜囚となり、ノンストップで訊問を受ける天道。「これでヤツがZECTメンバーになってくれれば、すべてうまく行く」と加賀美は自分に言い聞かせるが、やはり自分に嘘はつけない。東・岬チームを向こうに回し、加賀美の天道救出作戦が始まる。

「戦いにおいて最も重要なこと。それはパーフェクトハーモニー。完全調和だ!」ついに姿を現した第2の仮面ライダー、ザビー。精鋭部隊シャドウを率い、ワームをつぎつぎと殲滅するその圧倒的な戦力。彼とシャドウに与えられた、もうひとつの使命とは・・・。

「カブトを倒すことが俺の使命だ!」カブトに襲いかかるザビー。反撃するカブトはシャドウのひとり・影山を傷つけた。ライダー同士が戦い合い、他の人間までが傷つく。加賀美はそんな状況に疑問を抱く。そんな中、乱戦に乗じたワームがさらなる事件を…。

ついに激突した2人のライダー。加賀美の叫びもむなしく、ザビーの必殺技がカブトに炸裂・・・。はじめて敗北を喫した天道が地に伏す。天道は二度と変身できない!ライダーの頂点に立った矢車は…。そして加賀美は…。

ザビーゼクターに選ばれ、ザビーに変身した加賀美。これからは天道と肩を並べて戦える!と加賀美は胸を希望でふくらませる。だが、ZECT本部からの指令は非情だった。「カブトを倒せ。以上だ。」

風のように現れたメイクアップアーティスト・風間大介。世のあらゆる女性のためだけに生きる彼は、風のように気まぐれな男。男性にはまったく興味がない。だが、ふしぎな男、天道総司と出会ったとき、大介の運命は変転を告げる。

ドレイクに変身した風間大介。ドレイクゼクターに選ばれた資格者として、彼を組織に引き入れようとするZECT。だが、天道に恥をかかされたと感じる大介は、天道にますますライバル心を燃やしていた。やがて、天道と大介との対決の時が…。