朝日奈みらいはもうすぐ中学2年生になる13才の女の子。ある月夜の晩、みらいは空から魔法のほうきに乗った魔法使いの女の子が落ちてくるのを目撃しました。女の子の名前はリコ。お腹が減って力が出ないというリコを助けたみらいですが、そこに怪しい男が…!

伝説の魔法つかいプリキュアになったみらいとリコ。言葉が話せるようになったモフルンとみらいを魔法学校に連れ帰ったリコは、教頭先生に普通の人間を連れてきたことを怒られ、退学させられそうになります。リコをかばうため、みらいは校長先生に会おうと…。

みらいは春休みの間、魔法学校に通って魔法の勉強をすることになりました。リコとモフルンと一緒に魔法のじゅうたんに乗って、魔法商店街へ魔法の道具を買いに向かうみらいですが、そのさなか、クモの糸のようなものにリンクルストーンを奪われて…!

魔法図書館。そこは校長先生でも迷子になる『知識の森』がある場所。魔法学校の補習授業で紙の蝶を追いかけているうちに、図書館に向かったみらいは、知識の森に迷い混んでしまいます。ドクロシーの手下ガメッツが迫る中、みらいとリコは一冊の本に導かれ…。

二回目の補習の授業は寒い島の中で魔法のやかんを沸かしてお茶をいれること。寒くて魔法が使えない中、押しくらまんじゅうで暖かくなることを思いつき、みらいたちの魔法は大成功。でも、魔法を上手く使えなかったリコは、みらいとケンカしてしまい…。

補習授業は、教育実習生でリコのお姉さんでもあるリズ先生が担当。授業の内容は、魔法の杖を使い水でものを作って10秒間保つことでした。リコはお姉さんの前でいいところを見せようと、失敗ばかりした上、リズとケンカをして授業を飛び出してしまいます。

今回の補習授業は人魚の里でおこなわれ、補習内容は発声の練習。声で固く閉じたマール貝を開けることでした。貝を開けることができず苦戦するみんな。そんなとき、みらいとリコは3人の人魚の子供たちと友達になり、秘密の場所に案内してもらうことに。

補習授業は、空を飛ぶペガサスと一緒に記念撮影をすることです。まだ、魔法のほうきに上手く乗ることのできないみらいも、ヤル気満々でペガサスを追いかけたのですが、誤って森の中へと落ちてしまいました。その森で、みらいとリコが見つけたものは…。

いよいよ最後の補習授業です。その内容は相手の花を魔法で咲かせる魔法対決でした。補習を受けるみらいたち5人は一つのチームとなって、リズ先生との魔法勝負に挑みますが、次々と花を咲かされて、残るはみらいとリコだけになってしまいました。

校長先生に次のリンクルストーンがナシマホウ界に現れると言われ、リコはみらいを追ってカタツムリニアに乗り込んだのです。駅に着いた途端、二人はリンクルストーン・トパーズを見つけます。でも、カラスがトパーズをくわえて、どこかへ飛んでいってしまい…。

リコはみらいの家で暮らし、学校にも通うことに。でも、魔法を使うことを知られてはいけないのに、ほうきに乗って登校するところを見られたり、こっそりついてきたモフルンとはーちゃんを見つかってしまい大慌て。モフルンは甘い匂いに気がつくのですが…。

今日からみらいとリコの通う中学校では授業開始です。魔法界では優等生だったリコですが、魔法界とナシマホウ界では違うこともあって、あまり上手くはいきませんでした。みらいたちとも一緒に遊ばずに、家で一人で部屋にこもって予習をするリコにみらいは…。